O Lancer Evolution VI foi lançado em janeiro 1999, ganhando o mundial de pilotos pela quarta vez e ganhando o segundo título de construtores. Para homenagear Tommi Mäkinen, que conseguiu ganhar 4 campeonatos consecutivos do WRC, foi feita uma versão especial: Lancer Evolution VI T.M. SCP, lançada em dezembro de 1999 com limitadas 2 500 unidades e com melhorias aerodinâmicas e visuais.
As principais mudanças foram aerodinâmicas, além de utilizar pistões mais leves e com canais de refrigeração, pulverizador de óleo, aumento de volume na passagem pelo radiador do óleo, turbocompressor de titânio, diâmetro de entrada do compressor aumentado para 64 mm (antes eram 56 mm), novo relé do controle do eletro-ventilador, intercooler ampliado, braços inferiores da suspensão dianteiros redesenhados, braços da suspensão traseira em alumínio, além do reforço de 130 pontos de solda adicionais. A potência se manteve em 280 cv e o torque foi aumentado para 38,1 kgf.m. Foram fabricadas 8.391 unidades.
Versões: GSR/RS 0 a 100 km/h: 5,0 s 1 000 m: 20,77 s Cilindrada: 1 997 cc Compressão: 8,8:1 Potência: 280 cv @ 6 500 rpm Velocidade máxima: Limitado a 180 km/h Pneus: 225/45 R17 - 205/50 R16
Tração: Integral 4WD com centro unidade de acoplamento viscoso e Active Yaw Control Suspensão: Dianteira: MacPherson, molas helicoidais e barra estabilizadora Traseira: Multi-link molas heleicodais e barra estabilizadora Freios: Frontais: Discos Brembo 320mm ventilados com 4 pistões e ABS ou Discos 294mm ventilados com 2 pistões e ABS Traseiros: Discos Brembo 300mm ventilados com 1 pistão ou Discos 284mm ventilados com 1 pistão.